SCR脫硝過程中氨的氧化機理及危害
氨的氧化將一部分氨轉化為其它的氮化合物。可能的反應有：
4NH3 + 5O2 → 4NO+ 6H2O
4NH3 + 3O2 → 2N2+ 6H2O
2NH3 + 2O2 → N2O+ 3H2O
影響氨氧化反應的因素有：催化劑成分、煙氣中各組分和氨的濃度、反應器溫度等。一般認為在釩催化劑上，當溫度超過 399℃時，氨的氧化對脫硝過程才有顯著影響。
其危害：首先，達到給定的 NOx脫除率需要的氨供給率將增加，需要添加額外的還原劑以替換被氧化的氨；第二，氨的氧化減少了催化劑內表面吸附的氨，可能影響 NOx脫除，可能導致催化劑體積不足；此外，由于氨不是被氧化就是與 NOx反應或者作為氨逃逸從反應器中排出，因此氨的氧化使 SCR工藝過程的物料平衡變得復雜。因此， SCR煙氣脫硝系統需要安裝氨逃逸的測量儀器。
SCR脫硝過程中SO2氧化的機理及危害
SCR催化劑的氧化特性使燃用含硫煤的鍋爐的脫硝反應器也會將 SO2氧化為 SO3： 2SO2 + O2 → 2SO3 。SO2氧化率受煙氣中 SO2濃度、反應器溫度、催化劑質量、催化劑的結構設計及配方的影響。SO3的產生率正比于煙氣中 SO2的濃度。增加反應溫度也會加快 SO2的氧化，當溫度超過 371℃時，氧化速率將迅速增加。SO2氧化速率也與反應器中催化劑的體積成正比，因此，為獲得高的脫硝效率和低的氨逃逸而設計的反應器也會產生更多的 SO3。
SO3與催化劑組分及煙氣組分反應，形成固體顆粒沉積在催化劑表面或內部，縮短催化劑壽命。 SCR反應器產生的 SO3增加了煙氣中 SO3的本底濃度。
SCR脫硝過程中銨鹽（如硫酸氫銨和硫酸銨）的形成機理及危害
約在 320℃以下，SO3和逃逸的氨反應，形成硫酸氫銨和硫酸銨：
NH3 + SO3 + H2O→ NH4HSO4
2NH3 + SO3 + H2O →（NH4）2SO4
這些物質從煙氣中凝結并沉積，可以使催化劑失活；造成 SCR系統的下游設備沾污和腐蝕，增加空氣預熱器的壓降并降低其傳熱性能；使飛灰及脫硫裝置副產物不適合于特定的用途。降低上述影響是將氨逃逸量維持在低水平以及控制燃用含硫燃料鍋爐 SCR裝置的SO2氧化率。銨鹽沉積開始的溫度是氨和 SO3濃度的函數，為了避免催化劑沾污，在滿負荷條件下，SCR系統運行溫度應該維持在 320℃以上。
所以SCR脫硝系統在處理相關脫硝副作用需要格外的控制，要做到提高脫硝效率的同時，不對環境或生產過程產生很大的影響。SNCR脫硝相對來說沒有SCR脫硝這么多危害，但其反應溫度要比SCR脫硝高，對溫度范圍要求高。為了讓還原劑充分與煙氣混合，需要高品質霧化效果好的脫硝噴槍。
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